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La verificación de la Flow Cell se utiliza para evaluar el número de nanoporos disponibles en la Flow Cell. Debe realizarse cuando esté listo para usar la Flow Cell, y dentro de los 3 meses posteriores a la compra (excepto para las Flow Cells de Flongle, que actualmente tienen una vida útil de cuatro semanas).
Oxford Nanopore Technologies reemplazará cualquier Flow Cell que caiga por debajo del número garantizado de poros activos, siempre que el resultado se informe dentro de los dos días posteriores a la realización de la verificación de la Flow Cell y se hayan seguido las recomendaciones de almacenamiento.
| Flow cell | Número mínimo de poros activos cubiertos por la garantía |
|---|---|
| Flongle Flow Cell (FLO-FLG001) | 50 |
| Flongle Flow Cell (FLO-FLGOP1) | 30 |
| MinION/GridION Flow Cell | 800 |
| PromethION Flow Cell | 5000 |
Recomendamos almacenar las Flow Cells sin abrir, de la siguiente manera:
| Flow cell | Instrucciones de almacenamiento |
|---|---|
| Flongle Flow Cells | 2–8°C durante 4 semanas |
| MinION/GridION Flow Cells | temperatura ambiente durante un mes, o a 2–8°C durante 12 semanas |
| PromethION Flow Cells | 2–8°C por 12 semanas |
Las celdas de flujo se envían con una molécula de ADN de control de calidad presente en el buffer. Esta molécula produce una señal distintiva de nanoporo. El software PromethION utiliza esta señal para validar la integridad del conjunto de nanoporos antes de su uso y proporciona al usuario una estimación del número de canales disponibles simultáneamente para el experimento. Los poros activos se informan en cuatro grupos, cada uno de los cuales puede usarse a su vez al realizar experimentos largos, por ejemplo, una ejecución de secuenciación de 64 horas. Los experimentos más cortos pueden no usar todos los grupos.
IMPORTANTE Después de sacar las celdas de flujo del refrigerador, espera 20 minutos antes de insertar la celda de flujo en el PromethION para que la celda de flujo alcance la temperatura ambiente. Puede formarse condensación en la celda de flujo en entornos húmedos. Inspecciona los pines de conexión de oro en la parte superior e inferior de la celda de flujo en busca de condensación y límpialos con un paño sin pelusa si se observa alguna. Asegúrate de que la almohadilla térmica (almohadilla negra) esté presente en la parte inferior de la celda de flujo.
1) Carga las celdas de flujo que se van a ejecutar en los puertos de acoplamiento del PromethION.
Inserta completamente el conector del chip en el puerto de acoplamiento. Asegúrate de que el pestillo para sostener el chip en su lugar haga clic.
IMPORTANTE
Inserción correcta de las celdas de flujo PromethION en un dispositivo PromethION 24/48.
Alinea la celda de flujo con el conector (horizontal y verticalmente) e insértala suavemente en su posición.
Presiona firmemente la celda de flujo hacia abajo en el cargador y asegúrate de que el pestillo se enganche.
La inserción de la celda de flujo en el ángulo incorrecto puede dañar los pines en el PromethION y afectar tus resultados de secuenciación. Si encuentras que los pines en una posición del PromethION están dañados, comunícate con [email protected] para obtener ayuda.
Una vez que las celdas de flujo estén cargadas correctamente en el PromethION, las celdas de flujo se someten a una verificación automática de hardware:
2) Haz doble clic en el ícono de MinKNOW ubicado en el escritorio para abrir la interfaz de usuario de MinKNOW.
3) Recomendamos a los usuarios iniciar sesión en el software de MinKNOW utilizando sus credenciales de la Comunidad.
Para iniciar sesión, debes estar conectado a Internet.
Desde aquí, también puedes cambiar el idioma en la interfaz de usuario en la esquina inferior derecha.
Se te pedirá que ingreses tu dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore.
Si experimentas problemas para iniciar sesión, visita el canal de Soporte de la Comunidad (https://community.nanoporetech.com/support) y utiliza «Continuar como invitado» para un uso temporal.
4) Haz clic en el dispositivo de secuenciación conectado a la computadora.
5) La página de Visión General de Secuenciación debería mostrar que la celda de flujo no ha tenido ningún chequeo realizado.
6) Navega a la página de inicio y haz clic en ‘Verificar celda de flujo’.
7) Cuando veas que se reconocen el tipo de celda de flujo y los identificadores de celda de flujo, haz clic en ‘Iniciar’ para comenzar.
Serás automáticamente dirigido a la página de Visión General de Secuenciación.
Aparecerá una barra de carga debajo de la celda de flujo durante los chequeos.
Este ejemplo es un CTC de Flongle (barra de carga resaltada en roja).
La verificación de la celda de flujo debería tomar unos minutos.
La calidad de la celda de flujo se mostrará como uno de los tres resultados:
Nota: El indicador de calidad solo permanecerá visible durante una sesión de MinKNOW. Una vez que la sesión de MinKNOW haya terminado, el estado de la celda de flujo será borrado.