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La verificación de la Flow Cell se utiliza para evaluar el número de nanoporos disponibles en la Flow Cell. Debe realizarse cuando esté listo para usar la Flow Cell, y dentro de los 3 meses posteriores a la compra (excepto para las Flow Cells de Flongle, que actualmente tienen una vida útil de cuatro semanas).
Oxford Nanopore Technologies reemplazará cualquier Flow Cell que caiga por debajo del número garantizado de poros activos, siempre que el resultado se informe dentro de los dos días posteriores a la realización de la verificación de la Flow Cell y se hayan seguido las recomendaciones de almacenamiento.
| Flow cell | Número mínimo de poros activos cubiertos por la garantía |
|---|---|
| Flongle Flow Cell (FLO-FLG001) | 50 |
| Flongle Flow Cell (FLO-FLGOP1) | 30 |
| MinION/GridION Flow Cell | 800 |
| PromethION Flow Cell | 5000 |
Recomendamos almacenar las Flow Cells sin abrir, de la siguiente manera:
| Flow cell | Instrucciones de almacenamiento |
|---|---|
| Flongle Flow Cells | 2–8°C durante 4 semanas |
| MinION/GridION Flow Cells | temperatura ambiente durante un mes, o a 2–8°C durante 12 semanas |
| PromethION Flow Cells | 2–8°C por 12 semanas |
IMPORTANTE En este paso, utilizarás el software MinKNOW para verificar el número de poros en tu Flow Cell. Esto debe hacerse lo antes posible después de recibir tu Flow Cell Flongle. Las Flow Cells pueden almacenarse hasta que sean necesarias. Si hay un retraso entre la recepción y el uso de las Flow Cells, se debe realizar otra verificación antes de comenzar la preparación de la biblioteca.
Las Flow Cells se envían con una molécula de ADN de control de calidad presente en el buffer. Esta molécula produce una señal de nanoporo distintiva. El software MinKNOW™ utiliza esta señal para validar la integridad del arreglo de nanoporos antes de su uso y proporciona al usuario una estimación del número de canales disponibles simultáneamente para el experimento.
1) Coloca el adaptador Flongle en el MinION o en una de las cinco posiciones de GridION. El adaptador debe situarse de manera uniforme y plana en la plataforma MinION Mk1B o GridION. Esto asegura que el ensamblaje de la Flow Cell esté plano durante la siguiente etapa.
2) Coloca la Flow Cell en el adaptador Flongle y presiona la Flow Cell hacia abajo hasta que escuches un clic. La Flow Cell debe situarse de manera uniforme y plana dentro del adaptador, para evitar la formación de burbujas dentro de los compartimentos fluidos.
3) Haz doble clic en el icono de MinKNOW ubicado en el escritorio para abrir la interfaz de usuario de MinKNOW.
4) Recomendamos a los usuarios iniciar sesión en el software MinKNOW utilizando sus credenciales de la Comunidad.
Para iniciar sesión, debes estar conectado a internet.
Desde aquí, también puedes cambiar el idioma en la interfaz de usuario en la esquina inferior derecha.
Se te pedirá que ingreses tu dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:
Si estas experimentando dificultades para iniciar sesión, por favor envía un correo a nuestro soporte.
5) Haz clic en el dispositivo de secuenciación conectado a la computadora.
La vista general de secuenciación debe mostrar que la Flow Cell no ha tenido ninguna verificación realizada. A continuación, un ejemplo de un dispositivo GridION con un Flongle insertado en la posición X1 y Flow Cells MinION en las posiciones X2 – X5.
6) Navega a la página de inicio y haz clic en ‘Verificación de la Flow Cell’.
7) Elige el tipo de Flow Cell del menú desplegable y completa el ID de la Flow Cell.
A continuación, un ejemplo de un dispositivo GridION con un Flongle insertado en la posición X1.
8) Selecciona ‘Iniciar’ para comenzar la verificación de la Flow Cell.
Serás navegado automáticamente a la página de vista general de secuenciación.
Una barra de carga aparece debajo de la Flow Cell durante las verificaciones.
Este ejemplo es una Flongle CTC (barra de carga resaltada en rojo).
La verificación de la Flow Cell debería tomar unos minutos.
Indicadores de salud de la Flow Cell La calidad de la Flow Cell se mostrará como uno de los tres resultados:
Nota: El indicador de calidad (signo de interrogación, marca de exclamación o marca de verificación) solo permanecerá visible durante una sesión de MinKNOW. Una vez que el servicio de MinKNOW haya terminado, el estado de la Flow Cell se borrará.